Οι στόχοι της Σχολής είναι:

• H διατύπωση και εφαρμογή δεικτών ποιότητας των μεταπτυχιακών σπουδών, με σκοπό την περαιτέρω βελτίωση της παρεχόμενης εκπαίδευσης.
• Ενθάρρυνση σχεδιασμού περισσοτέρων διατμηματικών και διαπανεπιστημιακών προγραμμάτων σπουδών, περιλαμβανομένων διδακτορικών. Η ενθάρρυνση περισσότερης συνεργασίας των τμημάτων στη διαμόρφωση των προγραμμάτων σπουδών, ώστε να υπάρχουν συνέργειες.
• Υποστήριξη τμημάτων στη διεκδίκηση περισσότερης οικονομικής υποστήριξης των μεταπτυχιακών σπουδών και της έρευνας από πηγές εκτός Πανεπιστημίου. Επιδίωξη συνεργασιών με τοπικούς, κρατικούς και διεθνείς φορείς για αξιοποίηση χρηματοδοτήσεων και καλλιέργεια της ερευνητικής κουλτούρας ως παραγωγή και διάχυση γνώσης.
• Ανάπτυξη προγραμμάτων σπουδών σε διεθνείς γλώσσες πέραν από την ελληνική και τουρκική.
• Διεύρυνση της παροχής οικονομικής στήριξης προς τους μεταπτυχιακούς φοιτητές μέσα από παροχή υποτροφιών και χορηγιών έναντι παροχής ερευνητικού ή διδακτικού έργου.

Η Σχολή Μεταπτυχιακών Σπουδών διοικείται από Κοσμήτορα, Αναπληρωτή Κοσμήτορα και το Συμβούλιο της Σχολής.

Το Συμβούλιο της Σχολής αποτελείται από:

• Τον Κοσμήτορα της Σχολής Μεταπτυχιακών Σπουδών (Πρόεδρο)
• Τον Αναπληρωτή Κοσμήτορα της Σχολής Μεταπτυχιακών Σπουδών
• Ένα μέλος της Επιτροπής Μεταπτυχιακών Σπουδών κάθε ακαδημαϊκού Τμήματος
• Εκπρόσωπους των μεταπτυχιακών φοιτητών

Ο Κοσμήτορας της Σχολής ετοιμάζει τον προϋπολογισμό της Σχολής και έχει ως κύρια ευθύνη την:

• Ανάπτυξη των μεταπτυχιακών προγραμμάτων του Πανεπιστημίου
• Παρακολούθηση του αριθμού και της ποιότητας των φοιτητών
• Εύρυθμη λειτουργία και οργάνωση της Σχολής