Η Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου έχει ως πρωταρχικό στόχο να συμβάλλει ουσιαστικά στις προσπάθειες των Αρχών του Πανεπιστημίου για επίτευξη των στρατηγικών τους στόχων. Μέσα από τη διεξαγωγή ανεξάρτητων και αντικειμενικών ερευνών και ελέγχων, η Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου, εφοδιάζει τις Αρχές του Πανεπιστημίου, με τα απαραίτητα εργαλεία, στοιχεία και πληροφορίες, που θα τις βοηθούν στην επίτευξη των στρατηγικών στόχων του Οργανισμού.

Τα εφόδια αυτά αντλούνται κυρίως μέσα από τον έλεγχο και αξιολόγηση:

(α) Των εσωτερικών συστημάτων και διαδικασιών λειτουργίας του Πανεπιστημίου,

(β) της συμμόρφωσης με τους Νόμους, Κανονισμούς, Κανόνες και Αποφάσεις των Αρχών,

(γ) της αποτελεσματικής διαχείρισης των οικονομικών πόρων και

(δ) της διαφύλαξης και διασφάλισης των περιουσιακών στοιχείων.

Η Υπηρεσία Εσωτερικού Ελέγχου υποβάλλει τις εκθέσεις της στην Επιτροπή Ελέγχου, η οποία καταθέτει εισηγήσεις στο Συμβούλιο του Πανεπιστημίου, για διόρθωση ή βελτίωση τυχόν αδυναμιών ή/και προβλημάτων, που εντοπίζονται μέσα από τους ελέγχους. Στόχος της Υπηρεσίας Εσωτερικού Ελέγχου είναι η παροχή ορθής πληροφόρησης και η προσφορά συμβουλευτικών υπηρεσιών προς τις Αρχές του Πανεπιστημίου, που θα τις βοηθούν στη λήψη ορθών και δίκαιων αποφάσεων, οι οποίες θα προσδίδουν αξία στον Οργανισμό.